FASTQ

保存测序 reads 及其碱基质量值的标准文本格式。Standard text format for sequencing reads and per-base quality scores.

常见用途 | Common Uses

• 原始测序 reads。
• 质控、去接头、过滤和比对输入。
• 单端或双端 reads 文件。

关键点 | Notes

• 每条 read 占四行：header、sequence、separator、quality。
• gzip 压缩后常见扩展名为 .fq.gz 或 .fastq.gz。
• Phred quality encoding 是质量判断的核心。

示例 | Example

@read1
ACGT
+
IIII

参考 | References

• FASTQ overview: https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format