Kraken2

基于 k-mer 的宏基因组 reads 分类工具，常用于微生物群落物种组成分析。K-mer based taxonomic classifier for metagenomic reads.

速览 | Quick Look

• 常见输入：FASTQ, FASTA, Kraken2 database
• 常见输出：classification output, report TSV
• 典型场景：shotgun metagenomics 物种分类、污染初筛、Bracken 丰度估计前处理

安装 | Install

mamba install -c bioconda kraken2

常用命令 | Common Commands

双端分类：

kraken2 --db kraken_db --paired R1.fq.gz R2.fq.gz \
  --threads 16 --report sample.kraken2.report \
  --output sample.kraken2.out

压缩输出：

kraken2 --db kraken_db --paired R1.fq.gz R2.fq.gz \
  --threads 16 --gzip-compressed \
  --report sample.report > sample.kraken2.out

构建标准数据库：

kraken2-build --standard --db kraken_db --threads 16

关键参数 | Key Options

• --db：数据库目录。
• --paired：双端 reads。
• --report：分类报告。
• --output：逐 read 分类结果。
• --confidence：分类置信阈值。
• --threads：线程数。

常见坑 | Pitfalls

• 数据库版本、构建日期和包含的 taxonomy 会显著影响结果。
• 标准库体积大，构建和运行都需要较多磁盘和内存。
• Kraken2 report 通常还会接 Bracken 或 krona 等工具继续处理。

参考 | References

• Kraken2 wiki: https://github.com/DerrickWood/kraken2/wiki