kallisto

基于 pseudoalignment 的快速 RNA-seq 转录本定量工具。Fast transcript-level quantification based on pseudoalignment.

速览 | Quick Look

• 常见输入：transcriptome FASTA, FASTQ
• 常见输出：abundance.tsv
• 典型场景：bulk RNA-seq transcript quantification, bootstrap uncertainty estimation

安装 | Install

mamba install -c bioconda kallisto

常用命令 | Common Commands

构建索引：

kallisto index -i transcripts.idx transcripts.fa

双端定量：

kallisto quant -i transcripts.idx -o sample_kallisto \
  -b 100 -t 8 sample_R1.fq.gz sample_R2.fq.gz

单端定量：

kallisto quant -i transcripts.idx -o sample_kallisto \
  --single -l 200 -s 30 -t 8 sample.fq.gz

关键参数 | Key Options

• index：构建转录本索引。
• quant：执行定量。
• -b：bootstrap 次数。
• -t：线程数。
• --single：单端 reads 模式。
• -l / -s：单端片段长度均值和标准差。

常见坑 | Pitfalls

• 单端模式必须提供 fragment length 参数。
• index 的 transcript FASTA 要和注释版本一致。
• gene-level 汇总常用 tximport 或类似工具完成。

参考 | References

• Official documentation: https://pachterlab.github.io/kallisto/