Trim Galore

Cutadapt 和 FastQC 的常用封装工具，用于 FASTQ 接头剪切、质量过滤和报告生成。A practical Cutadapt/FastQC wrapper for read preprocessing.

速览 | Quick Look

• 常见输入：single-end or paired-end FASTQ
• 常见输出：trimmed FASTQ, trimming report, optional FastQC HTML
• 典型场景：Illumina reads 接头剪切、RRBS/WGBS 预处理、标准流程快速质控

安装 | Install

mamba install -c bioconda trim-galore

常用命令 | Common Commands

双端剪切：

trim_galore --paired --cores 4 \
  sample_R1.fq.gz sample_R2.fq.gz \
  -o trimmed

同时运行 FastQC：

trim_galore --paired --fastqc --cores 4 R1.fq.gz R2.fq.gz -o trimmed

RRBS 模式：

trim_galore --paired --rrbs --cores 4 R1.fq.gz R2.fq.gz -o rrbs_trimmed

关键参数 | Key Options

• --paired：双端模式。
• --cores：并行核心数。
• --fastqc：剪切后运行 FastQC。
• --quality：质量剪切阈值。
• --length：保留 reads 最短长度。
• --rrbs：RRBS 特殊处理。

常见坑 | Pitfalls

• 双端模式会要求 R1/R2 文件顺序正确。
• 输出文件名较长，后续流程最好显式匹配。
• 如果项目已有 fastp 或 Cutadapt SOP，不要混用默认过滤策略。

参考 | References

• Official repository: https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore
• Cutadapt documentation: https://cutadapt.readthedocs.io/