HISAT2

面向 RNA-seq 的快速剪接感知比对工具，也可用于部分 DNA reads 比对场景。Fast splice-aware aligner for RNA-seq reads.

速览 | Quick Look

• 常见输入：reference FASTA index, FASTQ
• 常见输出：SAM
• 典型场景：bulk RNA-seq reads 比对、剪接位点感知比对、基因表达定量前处理

安装 | Install

mamba install -c bioconda hisat2

常用命令 | Common Commands

构建索引：

hisat2-build reference.fa genome_hisat2

双端 RNA-seq 比对：

hisat2 -x genome_hisat2 \
  -1 sample_R1.fq.gz -2 sample_R2.fq.gz \
  -p 8 -S sample.sam

直接输出排序 BAM：

hisat2 -x genome_hisat2 -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz -p 8 \
  | samtools sort -@ 8 -o sample.sorted.bam
samtools index sample.sorted.bam

关键参数 | Key Options

• hisat2-build：构建参考索引。
• -x：索引前缀。
• -1 / -2：双端 reads。
• -U：单端 reads。
• --rna-strandness：链特异 RNA-seq 文库方向。
• -p：线程数。

常见坑 | Pitfalls

• 链特异参数错误会影响后续 feature counting。
• HISAT2 输出 SAM，通常要接 samtools sort 转为排序 BAM。
• 参考 FASTA、GTF 注释和染色体命名需要一致。

参考 | References

• Official documentation: https://daehwankimlab.github.io/hisat2/
• HISAT2 manual: https://daehwankimlab.github.io/hisat2/manual/