Salmon

快速 RNA-seq transcript-level 定量工具，常用于无比对或准比对定量流程。Fast transcript-level RNA-seq quantification tool using lightweight mapping methods.

速览 | Quick Look

• 常见输入：transcriptome FASTA, FASTQ
• 常见输出：quant.sf
• 典型场景：bulk RNA-seq transcript quantification, tximport 到 gene-level

安装 | Install

mamba install -c bioconda salmon

常用命令 | Common Commands

构建 transcriptome index：

salmon index -t transcripts.fa -i salmon_index -k 31

双端定量：

salmon quant -i salmon_index -l A \
  -1 sample_R1.fq.gz -2 sample_R2.fq.gz \
  -p 8 --validateMappings -o sample_quant

单端定量：

salmon quant -i salmon_index -l A -r sample.fq.gz -p 8 -o sample_quant

关键参数 | Key Options

• index：构建索引。
• quant：执行定量。
• -l A：自动推断 library type。
• --validateMappings：常用的更稳健 mapping 校验。
• --gcBias / --seqBias：偏倚校正。
• -p：线程数。

常见坑 | Pitfalls

• index 的 transcript FASTA 应和后续注释版本一致。
• transcript-level 到 gene-level 汇总通常用 tximport。
• stranded library type 会影响定量，自动推断后仍建议抽查日志。

参考 | References

• Official documentation: https://salmon.readthedocs.io/
• Bioconda recipe: https://bioconda.github.io/recipes/salmon/README.html