fastp

一体化 FASTQ 质控、过滤、接头剪切和 HTML/JSON 报告工具。All-in-one FASTQ quality control, filtering, adapter trimming, and reporting tool.

速览 | Quick Look

• 常见输入：single-end or paired-end FASTQ
• 常见输出：filtered FASTQ, HTML report, JSON report
• 典型场景：原始 reads 过滤、自动接头识别、UMI 处理前质控

安装 | Install

mamba install -c bioconda fastp

常用命令 | Common Commands

双端 reads 质控：

fastp -i sample_R1.fq.gz -I sample_R2.fq.gz \
  -o sample.clean_R1.fq.gz -O sample.clean_R2.fq.gz \
  -h sample.fastp.html -j sample.fastp.json \
  -w 8

单端 reads 质控：

fastp -i sample.fq.gz -o sample.clean.fq.gz -h sample.fastp.html -j sample.fastp.json

限制长度并启用低复杂度过滤：

fastp -i R1.fq.gz -I R2.fq.gz -o clean_R1.fq.gz -O clean_R2.fq.gz \
  --length_required 30 --low_complexity_filter

关键参数 | Key Options

• -i / -I：输入 R1/R2。
• -o / -O：输出 R1/R2。
• -h / -j：HTML/JSON 报告。
• -w：线程数。
• --detect_adapter_for_pe：双端自动接头检测。
• --umi：处理 UMI 场景。

常见坑 | Pitfalls

• fastp 默认会做多项过滤，和项目 SOP 比对时要记录参数。
• 对非常短的 reads 或特殊文库，自动接头检测可能不如显式给接头稳。
• MultiQC 可以汇总 fastp 的 JSON/HTML 结果。

参考 | References

• Official repository: https://github.com/OpenGene/fastp
• AutoBA fastp template: https://github.com/JoshuaChou2018/AutoBA/blob/main/softwares_database/fastp.txt