FastQC

生成 FASTQ 测序质量报告，常用于原始数据和清洗后数据检查。Generates FASTQ sequencing quality reports for raw and cleaned reads.

速览 | Quick Look

• 常见输入：FASTQ / FASTQ.gz
• 常见输出：HTML report, ZIP data bundle
• 典型场景：测序质量、GC、duplication、adapter content 初筛

安装 | Install

mamba install -c bioconda fastqc

常用命令 | Common Commands

批量运行：

mkdir -p qc/fastqc
fastqc *.fastq.gz -o qc/fastqc -t 8

递归查找 FASTQ 并运行：

find rawdata -name "*.fq.gz" -o -name "*.fastq.gz" | xargs fastqc -o qc/fastqc -t 8

关闭 per-base sequence quality 的分组：

fastqc --nogroup sample.fastq.gz -o qc/fastqc

关键参数 | Key Options

• -o：输出目录。
• -t：线程数。
• --nogroup：不按区间合并碱基位置，适合短 reads 或需要细看每个位点时。
• --extract：解压输出 ZIP。

常见坑 | Pitfalls

• FastQC 的 warning/fail 是启发式提示，不等于数据一定不可用。
• 单个样本多 lane 时，既可逐 lane QC，也可合并后再检查。
• 项目汇总通常交给 MultiQC。

参考 | References

• Official project page: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
• AutoBA FastQC config: https://github.com/JoshuaChou2018/AutoBA/blob/main/softwares_config/fastqc_0.11.9.config