Cutadapt

从 FASTQ reads 中去除接头、引物和低质量片段。Removes adapters, primers, and low-quality sequence from FASTQ reads.

速览 | Quick Look

• 常见输入：single-end or paired-end FASTQ
• 常见输出：trimmed FASTQ
• 典型场景：adapter trimming、amplicon primer trimming、小 RNA 接头去除

安装 | Install

mamba install -c bioconda cutadapt

常用命令 | Common Commands

单端去接头：

cutadapt -a AGATCGGAAGAGC -o sample.trimmed.fq.gz sample.fq.gz

双端去接头：

cutadapt -a AGATCGGAAGAGC -A AGATCGGAAGAGC \
  -o sample_R1.trimmed.fq.gz -p sample_R2.trimmed.fq.gz \
  sample_R1.fq.gz sample_R2.fq.gz

设置最短长度并过滤低质量：

cutadapt -q 20 -m 30 -a ADAPTER -o out.fq.gz in.fq.gz

去除 5' primer：

cutadapt -g ^FORWARD_PRIMER -o trimmed.fq.gz reads.fq.gz

关键参数 | Key Options

• -a / -A：3' adapter，分别用于 R1/R2。
• -g / -G：5' adapter 或 primer。
• -o / -p：单端输出或双端 R1/R2 输出。
• -q：质量剪切。
• -m：过滤短 reads。
• --discard-untrimmed：只保留成功匹配接头/引物的 reads。

常见坑 | Pitfalls

• Amplicon primer 常需要锚定到 5' 端，例如 ^PRIMER。
• 双端输出必须同时给 -o 和 -p。
• 接头序列不确定时先用 FastQC/MultiQC 检查 overrepresented sequences。

参考 | References

• Official documentation: https://cutadapt.readthedocs.io/
• Bioconda recipe: https://bioconda.github.io/recipes/cutadapt/README.html