seqtk

轻量 FASTA/FASTQ 命令行工具，适合抽样、截取、格式转换和基础处理。Lightweight toolkit for common FASTA/FASTQ operations.

速览 | Quick Look

• 常见输入：FASTA, FASTQ
• 常见输出：FASTA, FASTQ
• 典型场景：随机抽 reads、按列表提取序列、FASTQ 转 FASTA、反向互补

安装 | Install

mamba install -c bioconda seqtk

常用命令 | Common Commands

FASTQ 转 FASTA：

seqtk seq -a reads.fq.gz > reads.fa

随机抽样 100000 条 reads：

seqtk sample -s 42 reads.fq.gz 100000 > reads.subsample.fq

按 ID 列表提取序列：

seqtk subseq reference.fa ids.txt > subset.fa

反向互补：

seqtk seq -r input.fa > reverse_complement.fa

关键参数 | Key Options

• seq：格式转换、过滤、反向互补。
• sample：随机抽样。
• subseq：按名称或区域列表提取。
• -a：输出 FASTA。
• -q：按质量过滤 FASTQ。
• -s：随机种子。

常见坑 | Pitfalls

• sample 对压缩输入可用，但输出通常需要自行压缩。
• 抽样双端 reads 时要用同一个随机种子分别处理 R1/R2。
• subseq 的 ID 需要和 FASTA header 中的主 ID 对齐。

参考 | References

• Official repository: https://github.com/lh3/seqtk