高性能 RNA-seq spliced aligner，常用于 bulk RNA-seq reads 到基因组比对。High-performance RNA-seq spliced aligner widely used for mapping reads to a genome.
mamba install -c bioconda star
构建 genome index：
STAR --runMode genomeGenerate \
--runThreadN 16 \
--genomeDir star_index \
--genomeFastaFiles genome.fa \
--sjdbGTFfile genes.gtf \
--sjdbOverhang 149
双端 RNA-seq 比对并输出排序 BAM：
STAR --runThreadN 16 \
--genomeDir star_index \
--readFilesIn sample_R1.fq.gz sample_R2.fq.gz \
--readFilesCommand zcat \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--outFileNamePrefix star/sample.
生成基因计数：
STAR --quantMode GeneCounts --genomeDir star_index \
--readFilesIn R1.fq.gz R2.fq.gz --readFilesCommand zcat \
--runThreadN 16 --outFileNamePrefix star/sample.
--runMode genomeGenerate：构建索引。--genomeDir：索引目录。--sjdbGTFfile：注释文件，用于 splice junction。--sjdbOverhang：一般设为 read length - 1。--readFilesCommand zcat：读取 gzip FASTQ。--outSAMtype BAM SortedByCoordinate：直接输出坐标排序 BAM。sjdbOverhang 应按 reads 长度设置；不同读长项目最好分开建索引或折中评估。