SPAdes

常用 de novo 组装器，覆盖细菌基因组、单细胞和宏基因组等场景。Popular de novo assembler for short-read and hybrid assembly workflows.

速览 | Quick Look

• 常见输入：paired-end FASTQ, single-end FASTQ, long reads optional
• 常见输出：contigs.fasta, scaffolds.fasta, assembly graph
• 典型场景：细菌基因组组装、宏基因组组装、混合组装

安装 | Install

mamba install -c bioconda spades

常用命令 | Common Commands

双端短读长组装：

spades.py -1 sample_R1.fq.gz -2 sample_R2.fq.gz \
  -o spades_out -t 16 -m 64

宏基因组模式：

metaspades.py -1 meta_R1.fq.gz -2 meta_R2.fq.gz \
  -o metaspades_out -t 16 -m 128

混合组装：

spades.py -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz --nanopore long_reads.fq.gz \
  -o hybrid_out -t 16 -m 128

关键参数 | Key Options

• spades.py：标准组装入口。
• metaspades.py：宏基因组模式。
• -1 / -2：双端 reads。
• --nanopore / --pacbio：加入长读长。
• -t：线程数。
• -m：内存上限，单位 GB。

常见坑 | Pitfalls

• SPAdes 对内存和磁盘比较敏感，失败时先看 spades.log。
• 真核大基因组不适合直接套用细菌组装参数。
• 组装前 reads 质量、污染和覆盖度会显著影响结果。

参考 | References

• Official site: https://ablab.github.io/spades/
• SPAdes manual: https://ablab.github.io/spades/running.html