Bowtie2

快速短读长比对工具，常用于 ChIP-seq、ATAC-seq、宏基因组和小基因组比对。Fast short-read aligner often used for ChIP-seq, ATAC-seq, metagenomics, and small genomes.

速览 | Quick Look

• 常见输入：FASTQ, reference FASTA
• 常见输出：SAM
• 典型场景：ChIP-seq/ATAC-seq mapping、微生物基因组比对、宿主去除

安装 | Install

mamba install -c bioconda bowtie2

常用命令 | Common Commands

构建索引：

bowtie2-build --threads 8 genome.fa genome_index

双端比对：

bowtie2 -p 16 -x genome_index -1 sample_R1.fq.gz -2 sample_R2.fq.gz -S sample.sam

单端比对：

bowtie2 -p 16 -x genome_index -U sample.fq.gz -S sample.sam

管道输出排序 BAM：

bowtie2 -p 16 -x genome_index -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz \
  | samtools sort -@ 8 -o sample.sorted.bam

关键参数 | Key Options

• -x：索引前缀。
• -1 / -2：双端 reads。
• -U：单端或未配对 reads。
• --very-sensitive：更敏感，速度较慢。
• --local：局部比对，允许端部软剪切。
• -p：线程数。

常见坑 | Pitfalls

• 索引前缀不是 .bt2 文件全名，而是生成索引时的 prefix。
• 默认端到端比对；接头残留或 reads 质量差时可考虑 --local。
• 输出 SAM 通常很大，生产流程中建议直接管道到 samtools sort。

参考 | References

• Official manual: https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml
• AutoBA Bowtie2 template: https://github.com/JoshuaChou2018/AutoBA/blob/main/softwares_database/bowtie2.txt