minimap2

长读长、组装序列和 spliced RNA/cDNA 比对的高性能工具。High-performance aligner for long reads, assemblies, and spliced RNA/cDNA alignments.

速览 | Quick Look

• 常见输入：FASTA/FASTQ, reference FASTA
• 常见输出：PAF or SAM
• 典型场景：ONT/PacBio reads 比对、assembly-to-reference、isoform mapping

安装 | Install

mamba install -c bioconda minimap2

常用命令 | Common Commands

ONT reads 到参考基因组：

minimap2 -ax map-ont -t 16 reference.fa reads.fq.gz | samtools sort -o ont.sorted.bam

PacBio HiFi reads：

minimap2 -ax map-hifi -t 16 reference.fa hifi_reads.fq.gz > hifi.sam

assembly 对参考：

minimap2 -x asm5 -t 16 reference.fa assembly.fa > assembly_vs_ref.paf

cDNA 或 direct RNA spliced alignment：

minimap2 -ax splice -uf -k14 -t 16 genome.fa cdna_reads.fq.gz > splice.sam

关键参数 | Key Options

• -x：预设模式，如 map-ont, map-hifi, asm5, splice。
• -a：输出 SAM，否则默认 PAF。
• -t：线程数。
• --secondary=no：去掉 secondary alignments，部分下游需要。
• -uf -k14：direct RNA/cDNA spliced 场景常见组合。

常见坑 | Pitfalls

• 预设非常重要，ONT、HiFi、assembly、spliced reads 不应混用。
• PAF 不含完整 CIGAR/SAM 字段；需要 BAM 下游时要加 -a。
• 对 transcript/cDNA 的方向性要按实验类型调整参数。

参考 | References

• Official manual: https://lh3.github.io/minimap2/minimap2.html
• GitHub repository: https://github.com/lh3/minimap2