BAM

SAM 的二进制压缩形式，用于存储 reads 到参考基因组的比对结果。Binary compressed representation of SAM for storing read alignments to a reference genome.

常见用途 | Common Uses

• 保存 DNA-seq、RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq 等比对结果。
• 作为 variant calling、coverage、peak calling、read counting 的输入。
• 坐标排序后可配合 .bai 索引进行区域随机访问。

关键点 | Notes

• BAM 通常需要 samtools sort 后再 samtools index。
• 染色体命名、参考版本、read group 会影响下游流程。
• CRAM 比 BAM 更省空间，但读取时通常依赖参考基因组。

常用工具 | Tools

samtools view sample.bam
samtools sort -o sample.sorted.bam sample.bam
samtools index sample.sorted.bam

参考 | References

• SAM/BAM specification: https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf