FreeBayes

基于 haplotype 的变异检测工具，可从 BAM/CRAM 中调用 SNP、indel 和复杂变异。Haplotype-based variant caller for alignment data.

速览 | Quick Look

• 常见输入：reference FASTA, BAM/CRAM
• 常见输出：VCF
• 典型场景：小样本 variant calling、非模式物种变异检测、群体变异初筛

安装 | Install

mamba install -c bioconda freebayes

常用命令 | Common Commands

单样本 calling：

freebayes -f reference.fa sample.sorted.bam > sample.freebayes.vcf

多样本 calling：

freebayes -f reference.fa -L bam.list > cohort.freebayes.vcf

限制区域：

freebayes -f reference.fa -t targets.bed -L bam.list > cohort.targets.vcf

基础过滤：

bcftools view -i 'QUAL>=20 && INFO/DP>=10' cohort.freebayes.vcf \
  -Oz -o cohort.filtered.vcf.gz

关键参数 | Key Options

• -f：参考 FASTA。
• -L：BAM 列表。
• -t：目标区域 BED。
• --ploidy：倍性。
• --min-alternate-count：候选 ALT 最少支持数。
• --min-alternate-fraction：候选 ALT 最低比例。

常见坑 | Pitfalls

• 输入 BAM 应排序并建立索引。
• 非二倍体或 pooled 样本需要明确设置倍性和 calling 策略。
• 大基因组全量 calling 常按区域并行后再合并。

参考 | References

• Official repository: https://github.com/freebayes/freebayes