StringTie

从 RNA-seq 比对结果组装转录本并估计表达量的工具。Tool for transcript assembly and expression estimation from RNA-seq alignments.

速览 | Quick Look

• 常见输入：sorted BAM, reference GTF/GFF
• 常见输出：GTF, gene abundance table
• 典型场景：转录本组装、reference-guided quantification、合并样本转录本

安装 | Install

mamba install -c bioconda stringtie

常用命令 | Common Commands

按参考注释估计表达：

stringtie sample.sorted.bam -p 8 -G annotation.gtf \
  -e -B -o sample/stringtie.gtf

无参考组装：

stringtie sample.sorted.bam -p 8 -o sample.assembled.gtf

合并多个样本组装结果：

stringtie --merge -p 8 -G annotation.gtf \
  -o merged.gtf mergelist.txt

生成 gene abundance 表：

stringtie sample.sorted.bam -p 8 -G annotation.gtf \
  -A sample.gene_abund.tsv -o sample.gtf

关键参数 | Key Options

• -G：参考注释 GTF/GFF。
• -e：仅估计参考转录本表达，不组装新转录本。
• -B：生成 Ballgown 兼容输出。
• -A：输出 gene abundance 表。
• --merge：合并多个 GTF。
• -p：线程数。

常见坑 | Pitfalls

• 输入 BAM 通常需要坐标排序。
• 链特异文库建议确认上游比对参数。
• 不同版本注释混用会导致 transcript/gene ID 难以追踪。

参考 | References

• Official site: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/
• StringTie manual: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual