featureCounts

基于注释文件把 RNA-seq 比对 reads 计数到 gene/exon/feature。Assigns aligned RNA-seq reads to genes, exons, or other genomic features.

速览 | Quick Look

• 常见输入：sorted BAM, GTF/GFF/SAF annotation
• 常见输出：counts matrix
• 典型场景：bulk RNA-seq gene-level count matrix

安装 | Install

mamba install -c bioconda subread

常用命令 | Common Commands

单样本 gene count：

featureCounts -T 8 -a genes.gtf -o counts.txt sample.sorted.bam

多样本批量计数：

featureCounts -T 12 -p -B -C -a genes.gtf -o gene_counts.txt *.sorted.bam

指定 strandedness：

featureCounts -T 8 -s 2 -a genes.gtf -o stranded_counts.txt *.bam

关键参数 | Key Options

• -a：注释文件。
• -o：输出 counts 文件。
• -T：线程数。
• -p：paired-end fragments 计数。
• -s：链特异性，0 unstranded，1 stranded，2 reversely stranded。
• -t / -g：feature 类型和分组字段，默认常用于 exon 到 gene_id。

常见坑 | Pitfalls

• -s 错误会显著降低 assigned reads，需按建库类型确认。
• paired-end 数据是否加 -p 要和分析目标一致。
• GTF 的染色体命名必须和 BAM 一致。

参考 | References

• Official documentation: https://subread.sourceforge.net/featureCounts.html
• AutoBA featureCounts config: https://github.com/JoshuaChou2018/AutoBA/blob/main/softwares_config/featureCounts_2.0.3.config