MACS3

ChIP-seq/ATAC-seq 常用 peak calling 工具，MACS2 的后续版本。Peak caller for ChIP-seq and ATAC-seq; successor of MACS2.

速览 | Quick Look

• 常见输入：BAM, BED, BEDPE
• 常见输出：narrowPeak, broadPeak, pileup, model files
• 典型场景：TF ChIP-seq narrow peaks、histone broad peaks、ATAC-seq peaks

安装 | Install

mamba install -c bioconda macs3

常用命令 | Common Commands

转录因子 ChIP-seq：

macs3 callpeak -t chip.bam -c input.bam -f BAM -g hs -n sample --outdir macs3/sample

ATAC-seq 常见设置：

macs3 callpeak -t atac.bam -f BAMPE -g hs -n atac_sample --outdir peaks --nomodel

宽峰：

macs3 callpeak -t h3k27me3.bam -c input.bam -f BAM -g hs \
  --broad --broad-cutoff 0.1 -n h3k27me3 --outdir peaks

关键参数 | Key Options

• callpeak：peak calling 主命令。
• -t / -c：treatment 和 control。
• -f：输入格式，常见 BAM, BAMPE, BED。
• -g：有效基因组大小，hs human，mm mouse。
• --nomodel：不建模片段长度，ATAC-seq 常用。
• --broad：宽峰模式。

常见坑 | Pitfalls

• -g 不是 FASTA 路径，而是有效基因组大小。
• ATAC-seq 使用 BAMPE 时，MACS 会从 paired-end 信息估计 fragment。
• narrowPeak/broadPeak 的坐标是 BED 风格。

参考 | References

• Official documentation: https://macs3-project.github.io/MACS/
• AutoBA MACS template: https://github.com/JoshuaChou2018/AutoBA/blob/main/softwares_database/macs2.txt