SAM

以文本形式保存 reads 比对结果的标准格式，是 BAM/CRAM 的可读源格式。Text-based standard format for read alignments.

常见用途 | Common Uses

• aligner 输出的中间结果。
• 调试 CIGAR、FLAG、MAPQ、optional tags。
• 转换为 BAM 后用于正式下游分析。

关键点 | Notes

• 文本体积很大，不适合长期保存大项目。
• header 以 @ 开头。
• 正式流程通常直接管道到 samtools sort 生成 BAM。

参考 | References

• SAM/BAM specification: https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf