DIAMOND

高速蛋白序列比对工具，常作为 BLASTP/BLASTX 的快速替代。Fast protein sequence aligner for large-scale homology search.

速览 | Quick Look

• 常见输入：protein FASTA, nucleotide FASTA/FASTQ, DIAMOND database
• 常见输出：TSV, SAM, DAA
• 典型场景：宏基因组功能注释、蛋白同源搜索、转录本翻译搜索

安装 | Install

mamba install -c bioconda diamond

常用命令 | Common Commands

构建数据库：

diamond makedb --in proteins.fa -d proteins.dmnd

蛋白对蛋白搜索：

diamond blastp -d proteins.dmnd -q query_proteins.fa \
  -o matches.tsv -f 6 qseqid sseqid pident length evalue bitscore \
  --threads 8

核酸翻译搜索：

diamond blastx -d proteins.dmnd -q contigs.fa \
  -o blastx.tsv -f 6 --threads 8 --evalue 1e-5

更敏感模式：

diamond blastp -d proteins.dmnd -q query.fa -o sensitive.tsv \
  --sensitive --threads 8

关键参数 | Key Options

• makedb：构建 DIAMOND 数据库。
• blastp：蛋白 query 搜蛋白库。
• blastx：核酸 query 翻译后搜蛋白库。
• -f 6：BLAST tabular 输出。
• --sensitive / --very-sensitive：提高敏感性。
• --threads：线程数。

常见坑 | Pitfalls

• 速度、敏感性和内存占用之间需要按项目调整。
• 蛋白库版本会强烈影响注释结果，务必记录来源。
• 大规模 blastx 结果可能很大，建议提前限制字段和阈值。

参考 | References

• Official repository: https://github.com/bbuchfink/diamond