PAF

minimap2 默认输出的轻量 pairwise mapping 格式，适合长读长和组装比对摘要。Lightweight pairwise mapping format used by minimap2.

常见用途 | Common Uses

• assembly-to-reference 比对摘要。
• long-read overlaps。
• 快速比较 contig/read mapping。

关键点 | Notes

• 默认不包含完整 SAM 字段。
• 需要 CIGAR 时可让 minimap2 输出额外 tag，或改用 SAM/BAM。
• 坐标和字段解释要按 PAF 规范读取。

参考 | References

• PAF specification: https://github.com/lh3/miniasm/blob/master/PAF.md