CRAM

面向比对数据的高压缩格式，通常需要参考基因组辅助解码。Highly compressed alignment format that usually relies on the reference genome for decoding.

常见用途 | Common Uses

• 长期归档大规模 BAM 数据。
• 云端或队列级测序数据存储。
• 与 samtools/htslib 生态配合使用。

关键点 | Notes

• 读取 CRAM 时要能找到匹配参考基因组。
• 文件体积通常小于 BAM。
• 区域访问需要 .crai 或相关索引。

常用工具 | Tools

samtools view -C -T reference.fa sample.bam -o sample.cram
samtools index sample.cram

参考 | References

• CRAM specification: https://samtools.github.io/hts-specs/CRAMv3.pdf