IQ-TREE 2

最大似然系统发育树构建工具，集成模型选择、bootstrap 和多种树评估方法。Maximum-likelihood phylogenetic inference toolkit.

速览 | Quick Look

• 常见输入：aligned FASTA/PHYLIP/NEXUS
• 常见输出：Newick tree, log, model report, support values
• 典型场景：基因树/物种树构建、模型选择、ultrafast bootstrap

安装 | Install

mamba install -c bioconda iqtree

常用命令 | Common Commands

自动模型选择并构树：

iqtree2 -s alignment.fa -m MFP -T AUTO

ultrafast bootstrap：

iqtree2 -s alignment.fa -m MFP -B 1000 -alrt 1000 -T AUTO

指定 DNA 模型：

iqtree2 -s alignment.fa -m GTR+G -B 1000 -T 8

蛋白序列构树：

iqtree2 -s proteins.aln.fa -m MFP -B 1000 -T AUTO

关键参数 | Key Options

• -s：输入 alignment。
• -m MFP：ModelFinder 自动模型选择。
• -B：ultrafast bootstrap 重复次数。
• -alrt：SH-aLRT support。
• -T：线程数或 AUTO。
• --prefix：输出前缀。

常见坑 | Pitfalls

• 输入必须是多序列比对结果，不是未比对 FASTA。
• bootstrap 支持度不是分支真实性的唯一证据。
• 构树前要检查重组、低质量 alignment 和离群序列。

参考 | References

• IQ-TREE documentation: http://www.iqtree.org/doc/