Newick

Newick 用括号和逗号表示系统发育树拓扑，可附带分支长度，常见后缀包括 .nwk, .tree, .treefile。Newick is a compact representation of phylogenetic trees.

常见用途 | Common Uses

• 保存 IQ-TREE、RAxML、FastTree 等工具输出的系统树。
• 在 FigTree、iTOL、ETE Toolkit、R ape/ggtree 中可视化。
• 在流程中传递物种树、基因树或聚类树。

注意事项 | Notes

• 节点标签中的空格和特殊字符需要谨慎处理。
• Newick 本身不规定丰富样式，颜色和注释通常放在额外文件。
• 带支持度和带分支长度的树在不同工具中字段位置可能不同。

参考 | References

• PHYLIP Newick description: https://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html