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PGEN
PGEN 是 PLINK 2 的核心二进制基因型文件，通常和 .pvar、.psam 组成一个数据集。PGEN is PLINK 2's binary genotype storage format.
常见用途 | Common Uses
- 大规模 genotype array 或 WGS cohort 的过滤、QC、关联分析前处理。
- 从 VCF 转换到 PLINK 2 原生格式。
- 保存 dosage、phase 或多等位信息。
注意事项 | Notes
- PGEN 数据集需要 PGEN/PVAR/PSAM 三类文件配套。
- 和 PLINK 1 的 BED/BIM/FAM 不是同一个格式。
- 跨工具交换时常导出为 VCF 或 PLINK 1 binary。
参考 | References