QUAST

基因组组装质量评估工具，可输出 N50、总长度、错配、基因覆盖等报告。Assembly quality assessment tool for contigs and scaffolds.

速览 | Quick Look

• 常见输入：assembly FASTA, optional reference FASTA/GFF
• 常见输出：HTML report, TSV tables, plots
• 典型场景：比较多个组装版本、评估 contig/scaffold 质量、参考引导错配分析

安装 | Install

mamba install -c bioconda quast

常用命令 | Common Commands

无参考评估：

quast.py assembly.fasta -o quast_out -t 8

有参考评估：

quast.py assembly.fasta -r reference.fa -g annotation.gff \
  -o quast_ref_out -t 8

比较多个组装：

quast.py spades/contigs.fasta flye/assembly.fasta \
  -l spades,flye -o quast_compare -t 8

宏基因组模式：

metaquast.py contigs.fasta -o metaquast_out -t 16

关键参数 | Key Options

• quast.py：常规基因组组装评估。
• metaquast.py：宏基因组组装评估。
• -r：参考基因组。
• -g：基因注释 GFF。
• -l：多个 assembly 的标签。
• -t：线程数。

常见坑 | Pitfalls

• N50 不是唯一质量指标，需要结合完整性、错配和污染。
• 参考版本不匹配会放大 misassembly 指标。
• 多个 assembly 比较时建议统一最短 contig 阈值。

参考 | References

• QUAST manual: https://quast.sourceforge.net/docs/manual.html