Prokka

原核基因组快速注释工具，可从组装 FASTA 生成 GFF、GenBank、蛋白序列和表格结果。Rapid annotation toolkit for bacterial and archaeal genomes.

速览 | Quick Look

• 常见输入：assembly FASTA
• 常见输出：GFF, GBK, FAA, FFN, TSV
• 典型场景：细菌基因组 CDS/rRNA/tRNA 注释、下游泛基因组分析前处理

安装 | Install

mamba install -c bioconda prokka

常用命令 | Common Commands

基础注释：

prokka assembly.fasta --outdir prokka_out --prefix sample \
  --cpus 8

指定属种：

prokka assembly.fasta --outdir prokka_out --prefix sample \
  --genus Escherichia --species coli --strain sample1 \
  --cpus 8

保留 locus tag：

prokka assembly.fasta --outdir prokka_out --prefix sample \
  --locustag SAM --cpus 8

关键参数 | Key Options

• --outdir：输出目录。
• --prefix：输出文件前缀。
• --genus / --species / --strain：物种信息。
• --locustag：locus tag 前缀。
• --kingdom：Bacteria/Archaea/Viruses 等。
• --cpus：线程数。

常见坑 | Pitfalls

• Prokka 主要面向原核，真核基因组不要直接套用。
• 属种信息会影响注释命名，但错误信息也会误导结果。
• 输出文件很多，下游通常重点使用 .gff, .gbk, .faa, .tsv。

参考 | References

• Official repository: https://github.com/tseemann/prokka