MAFFT

常用多序列比对工具，适合核酸或蛋白序列的 MSA 构建。Widely used multiple sequence alignment tool.

速览 | Quick Look

• 常见输入：FASTA
• 常见输出：aligned FASTA
• 典型场景：系统发育树前处理、同源序列比对、保守区域检查

安装 | Install

mamba install -c bioconda mafft

常用命令 | Common Commands

自动策略：

mafft --auto sequences.fa > sequences.aln.fa

高精度小数据集：

mafft --maxiterate 1000 --localpair sequences.fa > sequences.linsi.fa

大数据集快速比对：

mafft --retree 2 --maxiterate 0 sequences.fa > sequences.fast.aln.fa

保留输入顺序：

mafft --auto --inputorder sequences.fa > sequences.aln.fa

关键参数 | Key Options

• --auto：自动选择策略。
• --localpair / --globalpair：更精细的 pairwise alignment 策略。
• --maxiterate：迭代次数。
• --thread：线程数。
• --inputorder：保留输入顺序。
• --add：向已有 alignment 添加序列。

常见坑 | Pitfalls

• 大量序列用高精度模式会很慢。
• 输入序列应为同源序列，非同源混入会破坏 alignment。
• 构树前常需要 trimAl、BMGE 或 ClipKIT 等工具修剪低质量区域。

参考 | References

• Official site: https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/