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使用该格式的命令 / Commands using this format

GATK

GVCF

GVCF 常用于 GATK HaplotypeCaller 的 -ERC GVCF 模式。它保留单样本变异位点和非变异 reference block，方便后续多样本联合分型。GVCF is a VCF-like intermediate for reference-confidence variant calling.

常见用途 | Common Uses

单样本 calling 后进入 GenomicsDBImport 或 CombineGVCFs。
多样本 cohort joint genotyping。
需要保留非变异区间置信度的变异流程。

注意事项 | Notes

GVCF 通常不是最终发布格式，最终结果一般是普通 VCF。
END、MIN_DP 等字段用于描述 reference block。
多样本联合分型前要保持参考版本和 intervals 一致。

参考 | References

GATK GVCF overview: https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531812