Nextflow

面向可复现生信流程的工作流引擎，常与 nf-core、Conda、Docker/Singularity 配合使用。Workflow engine for reproducible bioinformatics pipelines, commonly used with nf-core, Conda, Docker, and Singularity.

速览 | Quick Look

• 常见输入：pipeline script, samplesheet, params
• 常见输出：pipeline results, reports, trace/timeline/DAG
• 典型场景：RNA-seq、WGS、ATAC-seq、单细胞等标准流程运行

安装 | Install

mamba install -c bioconda nextflow

常用命令 | Common Commands

运行 nf-core/rnaseq：

nextflow run nf-core/rnaseq \
  -profile docker \
  --input samplesheet.csv \
  --outdir results \
  --genome GRCh38

恢复中断任务：

nextflow run nf-core/rnaseq -resume -profile conda --input samplesheet.csv --outdir results

查看执行记录：

nextflow log
nextflow log <run_name> -f process,hash,status,exit,workdir

清理 work 目录中无用缓存：

nextflow clean -f

关键参数 | Key Options

• run：运行本地或远程 pipeline。
• -profile：选择执行环境，如 conda, docker, singularity, slurm。
• -resume：复用缓存继续运行。
• -params-file：从 JSON/YAML 读取参数。
• -with-report, -with-trace, -with-timeline, -with-dag：生成运行报告。

常见坑 | Pitfalls

• -resume 依赖 work 目录和任务 hash，改参数可能触发重跑。
• HPC 上容器、文件系统、队列参数通常写在 profile/config 里。
• nf-core pipeline 参数较多，正式运行前先 -profile test 或小样本试跑。

参考 | References

• Official documentation: https://www.nextflow.io/docs/latest/
• nf-core: https://nf-co.re/