MultiQC

汇总 FastQC、fastp、STAR、samtools 等工具报告，生成统一 QC 报告。Aggregates reports from tools such as FastQC, fastp, STAR, and samtools into one QC report.

速览 | Quick Look

• 常见输入：各类工具日志/报告目录
• 常见输出：multiqc_report.html, multiqc_data/
• 典型场景：项目级 QC 汇总、pipeline 结果检查

安装 | Install

mamba install -c bioconda multiqc

常用命令 | Common Commands

扫描当前项目：

multiqc . -o qc/multiqc

只扫描指定目录：

multiqc qc/fastqc qc/fastp align_logs -o qc/multiqc

覆盖旧报告：

multiqc . -o qc/multiqc --force

导出额外数据：

multiqc . -o qc/multiqc --data-format json

关键参数 | Key Options

• -o：输出目录。
• --force：覆盖已有输出。
• --filename：自定义 HTML 报告名。
• --ignore：忽略路径或文件。
• --module：只运行指定模块。

常见坑 | Pitfalls

• MultiQC 依赖文件名和日志格式识别模块，移动或改名太激进可能影响识别。
• 一些工具日志需要保留原始结尾，如 STAR 的 Log.final.out。
• 大项目建议按批次和最终汇总分别生成报告。

参考 | References

• Official documentation: https://docs.seqera.io/multiqc/
• Supported tools: https://docs.seqera.io/multiqc/modules/